在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。 战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……

在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。 战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……

奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……

在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。　　数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。　　战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……

星矢等人来到冥界，与各处的冥斗士展开激战，意外碰到了为了陪伴化成石像的女友的原白银圣斗士奥路菲，奥路菲为了能在冥界长久的生活，成为了哈迪斯的乐师，定期给哈迪斯当面演奏。借着此次的演奏机会，奥路菲将星矢等人藏在运送花瓣的箱子中带入了哈迪斯的宫殿。但却没想到，星矢的同伴仙女座的瞬拥有哈迪斯的灵魂。哈迪斯占有了瞬的身体，真正的复活了……

奥林匹斯众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们…

冥王哈迪斯觉醒，意图侵占雅典娜守护的地上世界。他以归还黄金圣斗士生命为交换派遣已经牺牲的黄金圣斗士前往圣域刺杀雅典娜。 起死回生的黄金圣斗士们在前教皇白羊座史昂的带领下冲入黄金十二宫，向雅典娜袭来。 仍然生存的黄金圣斗士们奋起抵抗，星矢等人也察觉异变分别从各处赶来，加入到战斗中。 在众人和起死回生的黄金圣斗士以及潜入的冥斗士缠斗的同时，雅典娜却以黄金之剑自杀。原来死去的黄金圣斗士之所以效忠冥王哈迪斯是为了告知雅典娜要以雅典娜的鲜血唤醒雅典娜圣衣和武器，因此才冒着背叛的污名攻打圣域。雅典娜获悉众人的苦心，决议前往冥界与哈迪斯一决胜负，因此选择了自杀。 星矢众人知道真相后引发第七感决意前往冥界将复活的雅典娜圣衣带给雅典娜。冥界十二宫篇完。

故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。 另一方面，受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域，天马遇到了儿时的玩伴，同时也是亚伦的妹妹萨莎。几年前被人收养的萨莎，原来竟然是女神雅典娜的转世。 2年之后，天马终于成为天马星座的圣斗士。另一方面，受到潘多拉引导的亚伦，体内的冥王哈迪斯的灵魂觉醒，并向圣域发动全面进攻……